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独裁国家ヤプーとの戦いから十五年、世界にはつかの間の安息が訪れていた。世界を守り、戦い続けたフェニックスもヤプー崩壊と共にヒロインとしての役目を引退、結婚し家庭生活を送っていた。しかし、ヤプーの科学力が残したバイオ戦士ドラゴンが眠りから覚め、ネオヤプーとして国家に宣戦布告を果たす。ネオヤプーの目的は、 かつての組織を壊滅へ導いたフェニックスを捕らえ、国民の戦意を削ぐ事だった。ネオヤプーの脅威から世界を守るべく再びフェニックスとしてネオヤプーに戦いを挑むフェニックス。しかし、夫が捕らえられ、フェニックスも敵の手に落ちる。国民の前で国家がネオヤプーの手に落ちたことを宣言させようとするドラゴン。しかし、フェニックスはかたくなにそれを拒む。すると、夫を人質に取ったドラゴンはフェニックスに地獄の陥落を与えるのだった…。