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2035年、近未来の東京、テクノロジーの進化により生み出された軍事用ロボ、バイオロイドが反乱を起し政府に宣戦布告する。対策として政府は機銃特捜課を設立、通称ガンセイバーと呼ばれる彼らはバイオロイドの始末屋としてテロリストから恐れられていた。そんなある日、バイオロイドの開発に関わった科学者ばかりが狙われる殺人事件が起き、ガンセイバーのレイは捜査を開始するが捜査を進めるうちに事件の裏にバイオロイドの設計者マスターと呼ばれる男の存在を突き止める。テロリストの目的がマスターの拉致だと推測したレイは彼を保護するためバイオロイドの開発に深く関与している科学者を尋問しマスターの居場所を聞き出すが、その影でバイオロイドの反乱を指揮するハーゲン軍曹の魔の手がレイに忍びよっていた。